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Bioscienze: in Europa si sviluppa un software opensource

Elaborare dati di bioimaging è appena diventato più facile, grazie a un nuovo software open-source per la visualizzazione multidimensionale, l’elaborazione e l’analisi delle immagini, sviluppato da un team di ricercatori tedeschi e finlandesi. Il software cosiddetto BioImageXD, in fabbricazione per gli ultimi 10 anni, facilita l’analisi delle funzioni di cellule e tessuti, per esempio come le molecole si muovono sulla superficie delle cellule e come si legano tra di loro. Presentato sulla rivista Nature Methods, lo studio è stato in parte finanziato da un contributo nell’ambito del Settimo programma quadro (7° PQ) dell’UE.

I ricercatori provenienti da Turku e Jyväskylä in Finlandia e da Dresden in Germania stanno dando al settore delle scienze della vita un vantaggio fornendo un software che permette l’analisi della composizione della superficie della cellula. Il software permette anche ai ricercatori di sondare la diffusione delle cellule del cancro in un ambiente tridimensionale (3D) e di determinare quanto efficacemente i virus e i farmaci mirati entrano nelle cellule, una cosa mai fatta prima.

La ricerca nella bioscienza e nella biomedicina si è intensificata, grazie al lavoro svolto nel campo dell’imaging della cellula e del tessuto con nuovi microscopi specializzati. Questa tecnologia all’avanguardia ha dato inoltre ai ricercatori i mezzi per studiare meglio le cellule vive.

Le immagini microscopiche però devono essere trasformate in modelli 3D per essere visualizzate adeguatamente. Quindi anche se queste immagini 3D forniscono informazioni fondamentali, i dati scientifici affidabili hanno bisogno di valori numerici che possano essere usati in calcoli matematici, che a loro volta possono essere usati con set di dati completi.

Qui entrano in gioco i ricercatori tedeschi e finlandesi che hanno generato precise specifiche software per elaborare i dati di imaging. L’elemento chiave? Il software doveva essere basato su principi open-source, prontamente accessibili a tutti i ricercatori. Qual è stato il risultato? BioImageXD.

BioImageXD può aiutare i ricercatori a generare metodi di analisi completamente nuovi, elaborare miriadi di immagini allo stesso tempo e analizzare milioni di molecole. Secondo il team, i test comparativi hanno mostrato che BioImageXD è più veloce e più sensibile di altri programmi simili.

Un team di ricerca dell’Università di Jyväskylä coordinato da Jyrki Heino ha cominciato a lavorare sul software BioImageXD circa dieci anni fa. In questo tempo, i ricercatori hanno collaborato per ottimizzare il software. Pasi Kankaanpää, che adesso lavora al Centro di biotecnologia di Turku come Coordinatore del Nucleo imaging cellulare in Finlandia, ha guidato lo sviluppo del progetto.

Anche l’Accademia finlandese e l’Agenzia finlandese di finanziamento per la tecnologia e l’innovazione hanno sostenuto lo studio.

Per maggiori informazioni, visitare:

Università di Turku:
http://www.utu.fi/en/

Nature Methods:
http://www.nature.com/nmeth/index.html

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