Le sorprese del primo genoma di anfibio interamente sequenziato

Su svariati cromosomi ampie parti del DNA di Xenopus tropicalis presentano i geni nello stesso ordine che si riscontra nei mammiferi.
Il genoma di Xenopus tropicalis, una piccola rana originaria delle aree subtropicali dell’Africa, è stato sequenziato da un consorzio di ricerca costituito fra 24 istituzioni, e il risultato di questo studio è ora pubblicato su Science. Si tratta del primo genoma di anfibio interamente sequenziato.

Ciò che più ha sorpreso i ricercatori è la somiglianza del genoma dell’anfibio con quello del topo e dell’uomo, con ampie parti del DNA che su svariati cromosomi presentano i geni nello stesso ordine che si riscontra nei mammiferi.

“Ci sono megabasi di sequenza dove l’ordine dei geni è cambiato ben poco dall’ultimo antenato comune” fra anfibi, uccelli e mammiferi vissuto circa 360 milioni di anni fa, ha osservato Uffe Hellsten, uno degli autori dello studio. Questo stretto rapporto fra geni non vale per tutti i vertebrati: quello del pesce Danio rerio, per esempio, mostra un ordinamento dei geni differente.

All’interno delle sequenze conservate in X. tropicalis, i ricercatori hanno scoperto geni che sono simili all’80 per cento dei geni umani noti per essere associati a patologie, una circostanza che fa ora di questa rana un potenziale e particolarmente interessante modello animale di molte malattie.

Per quanto non sia X. tropicalis ma X. laevis l’anfibio maggiormente studiato dai biologi, la scelta di sequenziare il primo ha all’origine diversi motivi. X. tropicalis è una rana molto più piccola di X. laevis e matura più rapidamente, ma soprattutto ha il vantaggio di avere un genoma diploide, ossia dotato di due copie di ogni gene, e non tetraploide come quello di altre specie di rane e in particolare X. laevis, un particolare che ne agevola il sequenziamento. Il progetto di sequenziamento di Xenopus era partito nel 2002, prima dell’avvento della più recente generazione di tecniche sviluppate a questo scopo, e i ricercatori avevano puntato su X. tropicalis perché “il sequenzaimento di X. laevis appariva un’impresa scoraggiante”, ha spiegato John Wallingford, che ora ha iniziato questa seconda impresa.